MIHA 2 IN MIHA 3 ANTIMONY DESCRIPTION LANGUAGE

A RAPID ASSESSMENT OF ANTIMONY LEVELS AT COSTERFIELD VICTORIA
MIHA 2 IN MIHA 3 ANTIMONY DESCRIPTION LANGUAGE
PRODUCTION AND CHARACTERIZATION OF LEAD TIN AND ANTIMONY BASED

The CellML language is an open standard based on the XML markup language

Miha 2 in Miha 3

Antimony

Description Language - ni GUI-ja.

Athena

Izgleda OK. Simulator deluje samo na 32-bitnih windowsih.

BioJade

Zaenkrat se ni uspelo vzpostaviti. Na domaci strani simulatorja je bila zadnja

sprememba leta 2004 (ko je njegov avtor - Goler magistriral). Orodje bi bilo dobro vzpostaviti, glede na to, da je bil mentor Golerja Thomas Knight. Pod clanki je tudi njegov magisterij.

BioStudio

Ni na internetu.

BrickIt

Portable WEB-based registry - ni OK

Matlab

ElectroEcoBlu - na internetu sva nasla samo clanek, ki opisuje njegovo uporabo. Avtor clanka je verjetno tudi avtor simulink toolboxa.

SimBiology Toolbox - ni usmerjen v BioBrickse.

SBW

Orodje za komunikacijo med razlicnimi aplikacijami. Nima povezave z BioBricksi?

Boža

Clotho

ni za modeliranje, je za preverjanje DNK zaporedja (restrikcijski encimi, start kodoni itd.)

TEST: DNK zaporedje ene biokocke sem vstavila v program in ga pognala. Pobarvalo je le start kodone, stop kodone in restrikcijske encime. Naredi tudi translacijo vendar v meni neznan zapis proteina.

Gendesign

WEB-based registry

preverjanje DNK zaporedja

Biojade

ne uspe mi vzpostavit povezave, ni vec instalacijskega fajla na strani, niti kje drugje glede na opis in demo slike, bi to znalo biti tisto kar iscemo (graficno)

Opomba Mihov:

Pravilen link je http://web.mit.edu/jagoler/www/biojade/biojade.zip

(namesto biojade-1.0.zip pises biojade.zip na koncu). Vseeno nama ga z Miho ni ratalo vzpostaviti - povezuje se na bazo, ki verjetno ne obstaja vec; zadnja spremeba na strani je bila narejena leta 2004. V njegovem magisteriju pise, da se lahko povezes tudi direktno na xml file, a nikjer ne pise kako.

SBW

Network visual designer (JDesigner) omogoca risanje, povezovanje in simuliranje narisanega. Ne vem pa kje bi se naj vpisovali parametri posameznih vozlisc. Omenjen je model za biobricke ampak zgleda, da ga ni.

CellDesigner

http://www.celldesigner.org/

to sem zasledila v clanku, kot orodje na KI. Mi Monika (MR na KI) ni se nic odpisala, tako da druga mozna orodja se sporocim, ko mi ona odpise.

model se da uporabit v kombinaciji s SBW, kjer se ga simulira

Promot

http://www.mpi-magdeburg.mpg.de/projects/promot/

novo orodje, se vedno v razvoju.

pravtako podpira SBML

Prilagam se mail, supplementary data in clanek od gospoda, ki dela na tem.

glede na slike modelov v supplementary data, zgleda, da se uporabljajo biobricki.

Jelena

PCEnv

PCEnv (The Physiome CellML Environment) je uporabniški vmesnik za delo z biološkimi modeli, opisanimi s CellML .
CellML je jezik, ki temelji na XML. Omogoča shranjevanje in izmenjavo računalniško podprtih matematičnih modelov med programsko opremo za postavljanje bioloških modelov. Razvili so ga predvsem za opisovanje bioloških modelov, vendar so mogoče aplikacije tudi na druga področja. Uporablja se za modeliranja na celičnem nivoju: elektrofiziološki modeli, prevajanje signalov, modeliranje metaboličnih poti, simulacija srčnih celic, itd. CellML je podoben drugemu standardu za opisovanje bioloških modelov, SBML. Tudi ta temelji na XML, namenjen pa je izmenjavi informacij o povezavah in rekcijskih modelih (?) med obstoječimi aplikacijami.
Glede na moje znanje biologije, daleč od tega, kar iščemo. Uporabno v sistemski biologiji.

TinySeq

TinySeq naj bi podpiral shranjevanje in kompozicijo delcev(?) preko url. Orodje sta razvila 2 tipčka (Mackenzie Cowell, Jason Morrison) ki obljubljata eksperimentalno programsko platformo, imenovano Bricklet. Cilj te platforme je implementacija idej skupnosti sinteznih biologov (Synthetic Biology) in delovne skupine BioBricks Tehnical Standard.
Zadnje spremembe na strani v maju 2008. Kot je videti, Bricklet počiva.

SBW

SBW (Systems Biology Workbench) je odprtokodno ogrodje za povezovanje heterogenih programskih aplikacij v sistemski biologiji (System Biology). Uporablja SBML (Systems Biology Markup Language). SBW vsebuje več simulatorjev (JDesigner, Jarnac), prevajalnikov, metaorodij, …itd.
Glede na povedano, uporabno v sistemski biologiji.

SynBioSS

SynBioSS (Synthetic Biology Software Suite) je programski paket za generiranje, shranjevanje, priklic ter kvantitativno simuliranje sintetiziranih bioloških omrežij. Paket podpira sintezno biologijo in ga sestavljajo 3 neodvisne komponente: Simulator, Wiki in Designer.
Designer pretvori sekvenco BioBricksov ali nabor kakšnih drugih biomolekularnih komponent v zaporedje reakcij, ki jih simuliramo s Simulatorjem. Kot vhod podamo Biobrickse in povezave med njimi, Designer pa na osnovi bioloških pravil interakcije zgradi reakcijsko omrežje.
To je orodje za sintezno biologijo, ki ga potrebujemo. Kaj nudi in koliko znanja biologije zahteva uporaba, je potrebno natančneje raziskati.

Tags: antimony description, antimony, description, language