CO059 LA SPECTROMÉTRIE FTIR UNE NOUVELLE MÉTHODE DE TYPAGE

CO059 LA SPECTROMÉTRIE FTIR UNE NOUVELLE MÉTHODE DE TYPAGE






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CO-059

La spectrométrie FT-IR, une nouvelle méthode de typage des pneumocoques

BATAH Jameel (1), BOIS-SALVARO Guillaume (2), VARON Emmanuelle (1)

(1) Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil, Créteil, FRANCE; (2) Bruker France SAS, Wissembourg, FRANCE

Objectif - Introduction
Le sérotypage des pneumocoques est indispensable pour évaluer l’impact de la politique vaccinale sur la distribution des sérotypes circulants, et pour l’investigation des cas groupés d’infections invasives à pneumocoques. La capsule des pneumocoques est composée de polyosides et il existe plus que 93 types capsulaires. La méthode de référence (Neufeld) est fastidieuse et coûteuse, nécessitant un panel de plus de 100 antisérums, et n’est disponible que dans quelques laboratoires spécialisés (CNRP en France). La spectrométrie Fourier Transformation-Infrared (FT-IR) est une nouvelle technique permettant l’analyse de la composition des polyosides capsulaires. Nous avons évalué son pouvoir de discrimination sur une collection de pneumocoques génotypés représentant 59 sérotypes, y compris les 23 sérotypes vaccinaux.

Matériels (ou Patients) et méthodes
Les 59 souches issues de la collection du CNRP représentaient chacune un sérotype et un génotype (MLST) distinct. Pour chaque souche, à partir d’une culture de 16h (5% de CO2) sur gélose Columbia au sang, une suspension homogène était déposée en couche mince (15 microL/spot) sur une cible de silicone, puis séchée. L’acquisition des spectres IR (1 min/spot) a été réalisée avec le spectromètre FT-IR (Tensor27, module HTS-XT), et une fourchette spectrale entre 800 et 1300 cm-1 permettant l’analyse des polyosides. Les spectres ont été analysés par le logiciel OPUS et IR Biotyper (Bruker Optics) en utilisant un algorithme spécifique. Pour chaque souche, trois mesures indépendantes ont été réalisées.

Résultats
Toutes les souches ont généré des spectres de très bonne qualité. L’analyse des spectres IR a permis d'obtenir 59 clusters pour l'ensemble des souches étudiées, et ceci pour les trois mesures réalisées par souche. Chaque cluster représentait un sérotype distinct, y compris pour les 4 souches du sérogroupe 6 : 6A, 6B, 6C et 6D. 

Conclusion
Cette étude est la première à avoir analysé autant de sérotypes différents de pneumocoques. La spectrométrie FT-IR apparaît comme une technique de typage efficace prometteuse, capable de discriminer de façon simple et rapide (le temps d'une culture) les pneumocoques en fonction leur type capsulaire. Afin de préciser le pouvoir discriminant de la FT-IR en "vie réelle", l'analyse du spectre IR de souches responsables de cas groupés d’infections invasives comparée au MLST est en cours.

Mots Clés
Spectromètre FT-IR
Typage
Sérotypage
Pneumocoque
Capsule





Tags: méthode, spectrométrie, nouvelle, co059, typage