BATAH Jameel (1), BOIS-SALVARO Guillaume (2), VARON
Emmanuelle (1)
(1) Centre Hospitalier
Intercommunal de Créteil, Créteil, FRANCE; (2) Bruker
France SAS, Wissembourg, FRANCE
Objectif - Introduction
Le sérotypage des
pneumocoques est indispensable pour évaluer l’impact de
la politique vaccinale sur la distribution des sérotypes
circulants, et pour l’investigation des cas groupés
d’infections invasives à pneumocoques. La capsule des
pneumocoques est composée de polyosides et il existe plus que
93 types capsulaires. La méthode de référence
(Neufeld) est fastidieuse et coûteuse, nécessitant un
panel de plus de 100 antisérums, et n’est disponible que
dans quelques laboratoires spécialisés (CNRP en
France). La spectrométrie Fourier Transformation-Infrared
(FT-IR) est une nouvelle technique permettant l’analyse de la
composition des polyosides capsulaires. Nous avons évalué
son pouvoir de discrimination sur une collection de pneumocoques
génotypés représentant 59 sérotypes, y
compris les 23 sérotypes vaccinaux.
Matériels (ou Patients) et méthodes
Les
59 souches issues de la collection du CNRP représentaient
chacune un sérotype et un génotype (MLST) distinct.
Pour chaque souche, à partir d’une culture de 16h (5% de
CO2) sur gélose Columbia au sang, une suspension homogène
était déposée en couche mince (15 microL/spot)
sur une cible de silicone, puis séchée. L’acquisition
des spectres IR (1 min/spot) a été réalisée
avec le spectromètre FT-IR (Tensor27, module HTS-XT), et une
fourchette spectrale entre 800 et 1300 cm-1 permettant
l’analyse des polyosides. Les spectres ont été
analysés par le logiciel OPUS et IR Biotyper (Bruker Optics)
en utilisant un algorithme spécifique. Pour chaque souche,
trois mesures indépendantes ont été réalisées.
Résultats
Toutes les souches ont généré
des spectres de très bonne qualité. L’analyse des
spectres IR a permis d'obtenir 59 clusters pour l'ensemble des
souches étudiées, et ceci pour les trois mesures
réalisées par souche. Chaque cluster représentait
un sérotype distinct, y compris pour les 4 souches du
sérogroupe 6 : 6A, 6B, 6C et 6D.
Conclusion
Cette étude est la première à
avoir analysé autant de sérotypes différents
de pneumocoques. La spectrométrie FT-IR apparaît comme
une technique de typage efficace prometteuse, capable de discriminer
de façon simple et rapide (le temps d'une culture) les
pneumocoques en fonction leur type capsulaire. Afin de préciser
le pouvoir discriminant de la FT-IR en "vie réelle",
l'analyse du spectre IR de souches responsables de cas groupés
d’infections invasives comparée au MLST est en cours.
Mots Clés
Spectromètre
FT-IR
Typage
Sérotypage
Pneumocoque
Capsule
Tags: méthode, spectrométrie, nouvelle, co059, typage